由于經營所得的納稅人主要是個體工商戶和企事業單位承包經營者，這部分納稅人如果屬于核定征收，稅務機關一般不要求匯算清繳，如果屬于查賬征收，一般都聘請有財務人員，由財務人員進行匯算清繳，這和原個稅法下基本是一致的，變化不大。

根據《個人所得稅法》第十四條第二款：“納稅人辦理匯算清繳退稅或者扣繳義務人為納稅人辦理匯算清繳退稅的，稅務機關審核后，按照國庫管理的有關規定辦理退稅”。從這一條款可以看出，取得綜合所得的納稅人，可以由本人進行匯算清繳（或委托代理人以本人名義辦理），也可以由扣繳義務人進行匯算清繳。

這一點是新個稅法變化比較大的地方，2019年1月1日后，凡認定為居民個人，取得工資薪金所得，需要辦理個人所得稅匯算清繳。由于匯算清繳是一項專業性較強的工作，一般來說，如果由扣繳義務人，也就是單位的財務人員辦理，會大大增加財務人員的工作量和壓力，而且單位的財務人員也沒有義務為每個員工承擔相應的納稅風險，因此，將這一塊工作委托給專業的中介機構更為現實一些。

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