開票時繳納的個人所得稅，應該是在稅務機關申請代開發票時，稅務機關將勞務提供者視為個人，故除了代征流轉稅之外，還同時代征了個人所得稅。（有些地方規定，凡是申請代開勞務發票的，無論申請代開票的是單位還是個人，一律按比例代征流轉稅和個人所得稅，其實質是假定申請代開票的都是個人。）按照國家稅務總局《關于加強和規范稅務機關代開普通發票工作的通知》規定，“對申請代開發票的單位和個人，應當按照稅收法律、法規的有關規定征收稅款和收取發票工本費……申請代開發票經營額達不到省、自治區、直轄市稅務機關確定的按次起征點的，只代開發票，不征稅。但根據代開發票記錄，屬于同一申請代開發票的單位和個人，在一個納稅期內累計開票金額達到按月起征點的，應在達到起征點的當次一并計算征稅。”一般情況下，如果是企業申請代開發票，應該只代征流轉稅，對申請人是個人的才同時代征個人所得稅。有些地方可能對單位申請代開發票的，同時預征企業所得稅。這樣，企業可以按完稅憑證注明的代征所得稅額借記“應交稅金—— —企業所得稅”。但完稅憑證上注明所代征的是個人所得稅的，是否可以同樣處理，建議向主管稅務機關說明情況、溝通確定。

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